主な使用ツール; RAxML-NG, Modeltest-NG, FigTree 使用難易度★★★☆☆ Produce an ML phylogeny by RAxML-NG@Harrykun_blog 今回は何をする? 前回の記事で取得したSNP情報を基に最尤法による系統解析を行います。 全ゲノムスケールのSNP情報を使用することで、高精度な系統解析が実現可能です。 ここではWGSを使用していますが、もちろんもっと短いDNA配列やタンパク質にも応用できます。 2つのpythonベースのプログラムvcf2pylip.py, ascbias.pyを使って、vcfファイルを系統解析用のPHYLIP…