sra-toolkit, fasterq-dump, sra-toolkit 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★☆☆☆ 今回は何をする？ 今後のGATK解析で使用するマラリア原虫のWGSデータを収集します。せっかくなので、以前のprefetchとは違うfasterq-dumpを使ったダウンロードの方法を紹介します。今後は、今回収集したデータを使って、GWASで使用する変異データの取得までを順番に紹介してきます。 私の使用感 以前の記事では、prefetch→fastq-dump→pigzを使って、sra形式→fastq形式→fastq.gz形式の順番でダウンロードしました。今回はfastq-…
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