conda

こんにちは！supermantaro123です。 本日の記事はPython環境の構築についてです。 私はPython環境の構築でこれまで何度もつまづきました。 （こんな私がこの記事を皆様に発出して良いのか(笑)） そんな自分がM1Macを使い始めてからPythonを使うまでの環境構築方法について色々模索しながら見つけ出しました。 同じ困りごとをお持ちの方に発信できればと思い、記事にしてみました。 Homebrewをインストール https://brew.sh/index_ja Miniforgeのインストール https://github.com/conda-forge/miniforgeでa…

記事の概要 基本にしている仮想環境の構築例 バージョンを指定した仮想環境の共有方法 ついでにconda command 今までは教材に教わるがままにDockerで環境構築してたんですが、jupyterやOpennMMのようにコンテナ外でブラウザを使うようなパッケージの設定は私のような素人にはまだツラいです。。 というわけで、取り急ぎminicondaでサクッと構築環境を再現するためのメモです。 構築環境 pymol conda create -n pymol -c conda-forge python=3.10 pymol-open-source openmm (with PyMOL) con…

久しぶりにconda自体のアップデートを行った時に引っかかったので。 公式やエラー文には以下のように書いていますが何故か通りません。 conda update -n base conda -c defaults 参考サイトより以下のコマンドで上手くいきました。エラーは結構出ますが問題なさそうです。 conda update -n base conda -c anaconda 参考サイト Ubuntu 20.04でanaconda自体のアップデートができなかったときの対処法メモ - 不惑にしてまだ何者でもない者のブログ

サマリ 「Pythonで時系列解析用パッケージProphetを使いたいが、なぜかインストールできない」という方はいらっしゃいませんか？私がそうでした。本記事では、私がProphetをインストールしたときの手順を書きます。何かの一助になれば幸いです。 Windows上にProphetをインストールする際に気をつけるべきことは、下記の３点です。 Pythonのバージョン3.8以下を使いましょう。Pythonのバージョンが3.9以上だと、Prophetは使えないそうです。 pipを使ってはいけません。condaを使ってインストールしましょう。 Prophetが依存しているパッケージも全てcondaで…

はじめに 環境情報 MLflowとは MLflow Projectsとは MLflow Projectsの構成要素 エントリーポイントとは: 環境ファイルとは: 基本的な操作 MLflow Projectsを作成する プロジェクトを実行する まとめ 参考 はじめに 機械学習プロジェクトには様々なライブラリの依存関係があり、実行にはビルドされた環境が必要になる。MLflow Projectsを使うことで、他のデータサイエンティストとの共有や本番環境への移行のために、MLコードを再利用可能で再現性のある形でパッケージ化することができる。今回はMLflow Projectsについてまとめる。 環境情…

JupyterLabでJulia使ってPyPlotがしたいだけなんや！！ ＊2021年11月13日、Qt platform pluginのパスを追加したら他のアプリと競合した件について、記事の一番下のほうに追記あり。またその際の対処法はこちら。 マジでmatplotlibが動かなかった…疲れた…もう自分が悪いと諦めてたが、pythonに詳しい同僚も同じようにjuliaを入れたらmatplotlibが動かなくなり、解決できなかった、と言っていたので、自分のレベルが低くてしょうもないミスでできないだけや、普通の人は使えるんや、、、と決めつけずにもう少しチャレンジしてみた。 過去の記事はこちら ea…

1. やること 使用するパソコンが一つのときはよいですが、複数のパソコンを使用していると、それぞれのパソコンで同じ環境にしてどのパソコンで作業しても問題ないようにしておくのが便利です。現在、Ubuntu18.04を２台、Macを１台、Windows10を１台使ってますので、condaの仮想環境を揃えるようにしています。 あくまでも私の標準です。ご参考まで。 対象 - Ubuntu 18.04 LTS - Mac - Windows10 2. 環境設定のベース Ubuntu, Mac はまず、pyenvを導入し、pyenvでanacondaを選定したのちにcondaの仮想環境を作っています。 W…

・お題：Pythonで環境構築して、Pubmedから論文情報をとってきたい。 ・まずはAnaconda Promptで環境構築した。すぐに忘れるので、メモしておく。 #python=3.10で環境構築conda create -n kikitai python=3.10 #仮想環境に入るactivate kikitai #ライブラリをインストールconda install jupyterlab -yconda install ipykernel -yconda install pandas -ypip install openai #OpenAI用パッケージ pip install gTTS …

ゲノムシーケンスデータの低価格化と入手の容易化に伴い、de novoゲノムアセンブリは、様々な下流の研究や解析への重要な第一歩となっている。そのため、計算効率の高い方法で高品質のゲノムアセンブリを作成できるバイオインフォマティクスツールが不可欠である。ntLinkは、ロングリードを含むあらゆるシーケンス技術から構築されたドラフトゲノムアセンブリを改良するために、ロングリードのシーケンスデータを利用する、柔軟でリソース効率の高いゲノム・スキャフォールディングツールである。ntLinkは、リードアラインメントを使用して結合候補を特定する代わりに、最小化子ベースのマッピングを利用して、入力配列がどの…

Stable Diffusion Webui/Automatic1111のfolk版 Vladmandic/automaticは以前からIntel ARC(oneAPI)対応でしたがWindowsではWSLでしか動いてませんでした。最近WSL無しで動くようになったので手順をメモします WSL版の記事はこちら 読まなくても大丈夫です tomokz.hateblo.jp おことわり Windows版でもWSL版同様、A750でRTX3060よりちょい遅い程度とそこそこの速度をだしますが、データの内部形式変換のため起動時や各モジュールの初回動作時に相当の待ち時間が発生します ・起動からUI表示まで2…

前回の記事はこちら pancokeiba.hatenablog.com 前回、ローカル環境で LINE と Llama 2 を連携したチャットボットを開発した。今後の課題に挙げていた 3 つのうち、2 つが解決したため、今回はその内容を書く。結論を言うと、GCP を利用することで 2 つの課題を同時に解決した。 解决した課題 GCP の導入 1. Google Cloud CLI のインストール 2. Google App Engine にデプロイする資材を準備する app.yaml main.py requirements.txt 3. デプロイ 4. LINE の Webhook URL …

前々回の投稿ではPythonの株価テクニカル分析ライブラリの一つであるTA-Libを各種オシレーターの計算に用いました。今回はTA-Libにあるローソク足のパターン認識機能を利用してみます。尚、TA-Libのインストールはconda-install以外にも「pip install ライブラリのwhlファイル」という方法もあり、PCの環境により特定の方法がうまくいかない場合もあるので注意が必要です。今回もまず、必要なライブラリをインポートし、株価データをダウンロードします。 # ライブラリのインポート import talib import yfinance as yf import datet…

各Labの記録 参加結果の記事：Qiskit Global Summer School 2023 参加記録 Lab1：記事なし。かなり基礎的な内容だった気がするので Lab2：Qiskit Global Summer School 2023 Lab2 参加記録 Lab3：Qiskit Global Summer School 2023 Lab3 参加記録 Lab4：Qiskit Global Summer School 2023 Lab4 参加記録 Lab5：Qiskit Global Summer School 2023 Lab5 参加記録 まえがき Qiskit Global Summer…

と表示されてしまう件。 前回、Seleniumのアップデートをすることによってwebdriverの自動更新が簡単にできるようになると思い、試したところ別のエラーに再度ハマってしまったため、その解決に向けた備忘録となります。 スクレイピングを実行する際に、 NoSuchDriverException: Message: Unable to obtain driver for chrome using Selenium Manager.; For documentation on this error, please visit: https://www.selenium.dev/document…

Seleniumを利用している中で、一番面倒だなと思うのがChromedriverのバージョン管理です。 そのバージョン管理、簡単になったみたいです！！ なんと、Selenium4.6以降は自動的に適切なドライバーが読み込まれるようです。 なので、 from selenium import webdriver driver = webdriver.Chrome() のコードだけでドライバーを起動することができるよう。 早速試してみることに。 現状のSeleniumのバージョン確認。selenium4.5以下ならバージョンの最新化。 インストール済パッケージの一覧表示：conda list イン…

Seleniumのエラー対処については記載したものの、 どのようにSeleniumを利用するかについて記載していなかったので、 今回はそちらを記載することにします。 Seleniumとは？ 記述されたプログラムに沿って実際のWebブラウザを実行できる特徴を持ったライブラリ。 スクレイピングと言われる手法をする際にはこのライブラリを使われることが多いです。 私はPythonを利用して使用しますが、JavaやRubyなどの言語にも対応しているみたいです。 実行環境 Python 3.10.9 Selenium 4.12.0 の環境で実行します。 pip install selenium （私の環境…

研究室の後輩のために、cuda対応かつリモートデスクトップ可能なDockerイメージを作成したので公開します。 Docker Hub: haruka0000/cuda_vnc 以下を参考に作成しました。 ブラウザで動かせる「Linux」の「Ubuntu 22.04」のデスクトップ版（Xfce）のDockerイメージ「docker-ubuntu-desktop」を作りました - Qiita 事前にnvidia-docker2がインストールされている必要があります。 以下のコマンドを実行します。 sudo docker run -it --gpus all --platform=linux/amd…

マニュアルより AEGeAn Toolkitは、全ゲノム遺伝子構造アノテーションを管理・解析するツールを構築するための、いくつかの異なるが関連した取り組みとして始まった。AEGeAnはこれらの取り組みを一つのライブラリにまとめ、実行可能なプログラムだけでなく、C APIを介して呼び出し可能ないくつかのデータ構造とモジュールを含むようにした。AEGeAn Toolkitは、GenomeToolsライブラリ(http://genometools.org)から利用可能な様々なパーサー、データ構造、グラフィック機能を活用している。 現在、主要な４つのツールがある。他のツールも開発中であり、もう少し安定…