屈折率

前回から引き続きアッベ数（Abbe's number)自動算出アプリの紹介です。 具体的なコードですが、基本的なところは以前に紹介した屈折率の自動算出アプリと同様です。 最初にライブラリーのインポートと各種関数の設定を行っています。 アッベ数を計算するために波長に対応した分極率の計算が必要となりますが、その部分については 「psi4.set_options({'omega':[656, 589, 486, 'nm']})」で行っています。分極率から屈折率の変換等は以前のブログ記事「屈折率自動算出アプリ（CustumTkinter) その２」を参照してもらえればと思います。分極率の計算ですが、基…

以前の記事でHOMO-LUMO軌道、屈折率等の自動算出アプリを紹介してきました。 このお正月休みに少し時間がありましたので、アッベ数（Abbe's number）について自動計算できるアプリを作成してみました。基本的な部分は以前の屈折率の自動算出アプリと同様となりますが、アッベ数を算出するために、今回は各波長（656, 589, 486nm)における屈折率を算出できるコードを追加しています。またローレンツローレンツ式から屈折率算出する際に用いる分子体積の値について、いくつかの選択肢を選べるようにしてみました（複数分子の場合は以前と同じく論文記載の方法をベースにしていますが、単一分子では密度や他…

前回までの記事で機械学習用データとして分子体積データの算出について紹介してきました。今回は分子体積データを活用した屈折率のデータ作成について紹介します。 分子の屈折率ですが、ローレンツ・ローレンツ式を用いることで分子体積と分極率データから算出することができます（Ref 高分子論文集 , Vol. 66, No. 1, pp. 24―30 (Jan., 2009)など）。分子体積は前回までの手法で算出でき、またQM9のデータには分極率の計算データも記載されていますので、これらのデータを活用して屈折率のデータベースを作成してゆきます。 import pandas as pd import re f…

前回までに屈折率の自動計算のアプリのコード、利用画面の説明などについて紹介してきました。作成したコードをGitHubに公開していますので、MITライセンスのもとご自由に利用いただければと思います。 github.com ご利用にあたって、コメント、感想などがあればご連絡ください。

前回から引き続き屈折率自動算出アプリの紹介です。 前回もコメントさせていただきましたが、基本的なコードは以前に紹介した分子軌道情報（HOMO/LUMO)の自動算出アプリと同じです。 今回はCustumTkinterのパートの紹介です。 CustumTkinterですが、tkinterと比べてある程度デザイン性に優れた画面を作成することが可能で、設定情報などは以前の分子軌道情報（HOMO/LUMO)の自動算出アプリで紹介させていただきました。 画面の構成ですが、smiles情報を有するファイルの選択、量子化学計算の条件設定 （構造最適化）、分極率の計算方法の設定からなっています。分極率は、cc2…

前回から引き続き屈折率自動算出アプリの紹介です。 具体的なコードですが、基本的なところは以前に紹介した分子軌道情報（HOMO/LUMO)の自動算出アプリと同じです。 最初にライブラリーのインポートと各種関数の設定を行っています。 屈折率はローレンツ・ローレンツ式から分子の分極率と分子体積の情報をあれば求めることができるので、今回は分極率計算を'Pol_calc()'の関数で定義しています。分極率は基本的には分散関数を用いた計算で行うことでより正確な値が得られますが、計算コストの関係で、より簡便な計算手法（分散関数を用いないレベル）でも計算できるように設定しています。 分子体積の方はRdkitの…

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