ゲノム解析

インスリンの挙動をコンピュータでシミュレーションすることができれば、有機化学的証明をフィールド実験無しで実践することができた事になる。少なくとも生体実験を不要にするための第一歩になる。 インスリンとその受容体(レセプター)との間に何らかの阻害要因が存在することを確認するプロセスをシミュレーションできないか確認してみた。 結論としては、インスリン抵抗性を発生させるTNF-αなどがあるが、メカニズムは間接的なものであり、インスリン、レセプター、阻害要因の３者での挙動を確認するという発想自体が適切でないことがわかった。そのため、よりシンプルに考えるため、インスリンとレセプターの接続について次回に検討…

以下、サマリ(ChatGPT生成) 分子動力学へのAIの適応について議論しました。AIを利用することで、計算コストを削減し、シミュレーション速度を向上させる可能性があることを指摘しました。しかし、いくつかの注意点があり、機械学習モデルの精度、訓練データセットの範囲、力場の適用範囲、計算資源が重要な要素であることを説明しました。 その後、インスリンとインスリン受容体の相互作用解析に適した手法について議論し、混合シミュレーション法と機械学習による力場の開発・適用が比較対象となることを述べました。機械学習による力場が混合シミュレーション法に比べて優位性を持つかどうかは、注意点を考慮して慎重に評価する…

生体の物理的構造を理解することが重要なので、まずは基礎となるタンパク質の物理的特性をコンピュータでシミュレーションすることを考える。 Q:タンパク質の中で、最も単純な構造を持つものを教えて下さい。 A: タンパク質はアミノ酸がポリペプチド鎖を形成することで構成されていますが、最も単純な構造を持つタンパク質を特定するのは難しいです。なぜなら、タンパク質の構造の単純さは、その機能やサイズによって異なるからです。 ただし、一般的に小さなサイズのタンパク質は単純な構造を持つ傾向にあります。例えば、インスリンは、51個のアミノ酸からなる比較的小さなタンパク質で、A鎖とB鎖の2つのポリペプチド鎖から成り立…

組織工学について概要や事例をChatGPTに聞いたもの。 多面的な学問を総合することで実現し、様々な応用範囲があるが、Scaffoldの選択、血管網の生成、免疫応答の管理、実用化パイプラインの構築において課題が存在するとのこと。 組織工学（tissue engineering）は、生物学、材料科学、工学、そして医学の分野が交差する研究分野で、人工的に機能的な組織や臓器を作成する技術の開発を目指しています。組織工学の主な目的は、病気や損傷によって失われた、または機能不全を起こした組織や臓器を修復、再生、または置換するための治療法を提供することです。 組織工学は、以下の要素が一体となって機能します…

分析の結果、ベートーベンには肝疾患のリスクを示す遺伝子が存在し、長期間の飲酒とB型肝炎により肝臓疾患が悪化したため死亡した可能性が高いと推定されている。 過去にベートーベンが鉛中毒で死亡したとされる根拠となった毛髪は、ベートーベンのものではなく女性のものと明らかになり、鉛中毒ではなかったことも分かった。 >>毛髪は、ミイラでも残っているしね。 2000年はいけるのかな。 B型肝炎ねぇ。 記事入力 : 2023/03/24 07:30 「ベートーベンの死因は肝硬変」…毛髪をゲノム解析 ドイツの作曲家・ピアニストのベートーベンの死因が死後200年で明らかになった。 遺伝的要因、過度な飲酒、肝炎ウイ…

また厄介なことになっています。コロナはいつまで続くのか？ 中国がヤバいことになっているなぁとは思っていたが、これが各国に影響してきています。またウイルスの強毒化も心配されています。 しかも今回も隠ぺいしてます。本当に厄介な国です。日本も入国制限を実施するようだが、後手に回っています。 イタリアでは中国発の航空便２便においてコロナ陽性の乗客が半数にのぼった為、全数検査に切り替えたようです。またゲノム解析を行っているとのことなので、この後の発表が待たれます。 中国では新型コロナウイルスを徹底的に抑え込む「ゼロコロナ」政策を政府が突然撤回して以降、感染が急拡大しているが、その影響が国外にも出て来たと…

現在ヒトゲノムのほぼ全ての情報解読が終了し、遺伝子の役割と病気の関係の解明が進められています。 中国はこの分野に力を入れていて、先週上海でも新しいプランが発表されました「浦东新区促进细胞和基因治疗产业发展行动方案（2023-2025）」 個人でも手軽に受けれる遺伝子検査キットが販売していたので、どのような内容を検査できるのか試してみました。 遺伝子検査キットの購入 遺伝子検査キット 遺伝子検査結果 祖先分析 栄養・代謝について 健康リスクについて その他 遺伝子検査結果詳細レポート まとめ 遺伝子検査キットの購入 購入したのは「微基因WeGene」社の検査キット。「京东」で売上No.1だったの…

主人が受講している大学院の 長い長い毎日続く夏期講座がやっと終わり 遅い夏休みをとって沖縄に夫婦で5泊6日の旅をしてきました 行きは 関西空港出発 こちらでは出発前に必ず立ち寄るお店があります 「一村一品マーケット」というお店 経済産業省が進めるキャンペーンの一環でアジア・アフリカなどの後発開発途上国（LDC）を中心とした農産物加工品や工芸品 布製品などが販売されているお店 応援の気持ちで毎回立ち寄っては何か一品買っていくようにしています 今回はショールをいただいて帰宅してからソファの背もたれにかけて使うことにしました さぁ いよいよ旅が始まります！ 台風に突っ込んでいく今回のフライトはなかな…

人工知能はなぜ未来を変えるのか 松尾 豊・塩野 誠 本作品の全部または一部を無断で複製、転載、配信、送信したり、ホームページ上に転載したりすることを禁止します。また、本作品の内容を無断で改変、改ざん等を行うことも禁止します。 本作品購入時にご承諾いただいた規約により、有償・無償にかかわらず本作品を第三者に譲渡することはできません。 本作品を示すサムネイルなどのイメージ画像は、再ダウンロード時に予告なく変更される場合があります。 本作品の内容は、底本発行時の取材・執筆内容に基づきます。 本作品は縦書きでレイアウトされています。 また、ご覧になるリーディングシステムにより、表示の差が認められること…

荒川央 (あらかわ ひろし) 1991年 京都大学理学部卒業 1996年 京都大学理学博士 (分子生物学、免疫学) バーゼル免疫学研究所 (バーゼル)、ハインリッヒ・ペッテ研究所 (ハンブルク)、ヘルムホルツ研究所 (ミュンヘン)、マックスプランク研究所 (ミュンヘン) を経て分子腫瘍学研究所 (ミラノ)所属 Kevin McKernan先生がコロナワクチンへのDNA混入を発表後、追試の報告が相次いでいます。サウスカロライナ大学のBuckhaults博士も追試の結果を出しましたが、彼はコロナワクチンに混入したDNAについて contamination (コンタミネーション) という表現を用いて…

新型コロナウイルスの新しい変異株、 エリスとピロラが流行しているようで、 ネットニュースの記事をご紹介させていただきます。 ▼ヤフーニュース様より引用 全国的に流行ってきているというものがあります。 「EG.5（通称:エリス）」 オミクロン株の変異のXBB株から派生した「EG.5」、通称エリスと呼ばれているものです。 東京都のゲノム解析によると、 ▼7月31日～8月6日は20.1％だったものが、▼8月7日～8月13日は33.3％になり、8月14日～8月20日は36.0％だということです。 ※9月7日時点（東京都保健医療局） 今は9月第2週なので、おそらく5割近くまで増えているだろうというふうに…

本コンテンツは、底本の発行当時の収録内容をもとに作成されています。 底本とは一部の表記・表現が異なる場合があります。 また、使用するリーディングシステムや機種によって、表示に差が認められる場合があります。 天皇の国史 竹田恒泰 はじめに 日本は天皇の知らす国である。 「日本とは何か」という問いに真しん摯しに向き合うと、自ずとこの答えに辿り着くのではないだろうか。明治時代、大日本帝国憲法を起草する大役を担った天才官僚の井いの上うえ毅こわしは、第一条を書くために、『古事記』『日本書紀』をはじめとする国史に関係する膨大な量の本を読み込んだ。憲法の冒頭に日本の国柄を、つまり「日本とは何か」を簡潔に書く…

この記事ではRustによるDNAシーケンスのk-merカウンティングの方法について説明します． k-merとは？ シーケンス中の長さkの連続する部分文字列を指します。例えば、シーケンスATGCATGから3-mer（k=3）を抽出する場合、以下の5つの3-merが得られます． ATG TGC GCA CAT ATG k-merの解析は単純な手法でありながらシーケンスの比較、ゲノムアセンブリ、パターンの探索、メタゲノム解析など、さまざまな場面で応用されています． Rustでの実装 新しいプロジェクトの作成 まず新しいRustプロジェクトを作成します． $ cargo new kmer_counti…

はじめに おう。お疲れ。俺だ。Testosteroneだ。みんな元気？ 疲れてない？ 無理したらあかんで。いきなり本題から入るが、今回のテーマはもちろん筋トレ！！！……ではなくメンタルヘルスだ。ストレスの多い現代社会において、心の健康に関する知識を持たずに生活することは戦場に丸裸で突っ込むようなもの。メンタルヘルスの問題と関わりを持たずに生きていくことは不可能と言えるほどに、この問題は日本社会を侵食してしまっているのだ。 俺が日本のメンタルヘルス事情に危機感を持ったきっかけには、一向に減らない日本のうつ病患者数や自殺者数の推移を示すデータの影響もある。だが、最大の理由は俺のTwitterアカウ…

2023年09月14日 荒川央 (あらかわ ひろし)さんより転載 https://note.com/hiroshi_arakawa/n/n4262516b8b32 Kevin McKernan先生がコロナワクチンへのDNA混入を発表後、追試の報告が相次いでいます。サウスカロライナ大学のBuckhaults博士も追試の結果を出しましたが、彼はコロナワクチンに混入したDNAについて contamination (コンタミネーション) という表現を用いています。コンタミネーションとは科学実験の場における「汚染」を意味します。例えば微生物や放射性同位体を扱う実験など、周囲の環境と実験環境とを厳密に区分…

ゲリラ豪雨ではないと思いますが今日も突然の大雨が降りました。 妙に事務仕事が忙しくて今日はほとんど缶詰め状態だったのですが雨を見るためにちょいと出ました。 朝は元気に咲いていたのに突然の雨でびしょびしょになってはりました。 PCR検査を行った検体をゲノム解析したところ、オミクロン株の新たな変異種「BA2.86」系統を確認したと東京都が発表しました。 こいつです。 ビビります。 「BA2.86」通称“ピロラ”と呼ばれるものです。 先日の事件に保育園に預ける予定でしたが、乗せていることを忘れ、そのまま出勤。夕方に車内でぐったりする姿が発見され、病院で死亡が確認されました。 私の孫達はちょっと離れて…

悠仁さま１７歳、生物への知見深められ www.sankei.com 記事詳細へ 悠仁さま１７歳、生物への知見深められ 産経新聞、9/6(水) 0:22配信 秋篠宮ご夫妻の長男、悠仁さまは６日、１７歳の誕生日を迎えられた。筑波大付属高校２年の悠仁さまはこの１年、初めてご家族の地方でのご公務に同行し、皇族としての経験を重ねられた。国の研究機関を訪問するなど、幼少期から関心を寄せる生物についての知見も深められている。 悠仁さまは７月、秋篠宮さまとともに鹿児島県で行われた全国高校総合文化祭にご臨席。生物の研究発表で魚が縄張り意識を持つ要因について説明した生徒に「縄張りができたときはどのような行動がある…

おはようございます、なべやすです。 私は、子どもの頃からの恐竜愛好家です。 そんな私が子どもの頃から変わらず好きな恐竜は、首長竜の「プレシオサウルス」です。 恐竜好きだとティラノサウルスやトリケラトプスなどのメジャーな恐竜が好きなのかと思われますが、なんと言ってもプレシオサウルスが私の中でのナンバーワン恐竜です。 プレシオサウルスは、かつて世界的に有名になった未確認動物UMA、ネス湖のネッシーの正体ではないかと世間を賑わせたこともあります。 しかし、最近になってその正体は、プレシオサウルスどころかネッシーの存在自体までもが否定されるようになってしまいました。 これは、恐竜好き！UMA好き！の私…

人類の祖先が大幅に減少したと科学者が指摘* ゲノム解析により、80万年前の人類の繁殖能力を持つ個体が約1,300人にまで減少したことが明らかに。 ハンナ・デヴリン科学特派員 初期の人類の祖先は、80万年から90万年前に進化の「ボトルネック」を経験し、激減したと科学者たちが示唆しています。3,000人以上の現代人のゲノム解析の結果、祖先の総人口が約117,000年間で約1,280人まで減少したことが示されました。極端な気候変動が、この大幅な人口減少の原因であった可能性が考えられます。 「我々の解析から得られた数字は、現在絶滅の危機にある種の数と一致しています」とローマのサピエンツァ大学のジョルジ…