データサイエンス

FastQC, trimmomatic, bwa, samtools 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ 今回は何をする？ 前回の記事で収集したマラリア原虫のWGSデータを使ってマッピングを行い、BAM形式のファイルを生成します。内容は以前に投稿した下記の記事と重複しますが、これから解析で使うデータを扱いたいので、改めて解析を行います。 本記事では、トリミングからマッピングまでの工程をコンパクトに記載しているので、実際にご自身のデータを使って再現される場合には、この記事のスクリプトを置き替える形で使ってもらえると便利だと思います。 次回から、今回用意したデータを使ってGATK4を使用し…

BAMファイルからVCF出力までのロードマップ これから紹介していくGATKの使い方について、ロードマップを作成しました。 各partに対応した作業内容について、１つずつ記事にしていく予定です。 ちなみに、ブログ主の研究対象がハプロイドの病原体なので、とりあえず今回は１倍体の生物を対象にしています。 いつになるかわかりませんが、ヒトを使った内容も勉強して紹介したいと考えています。 記事を公表するごとに、順次リンクを貼っていきます。 GATK ロードマップ GATK解説シリーズ パート１ GATKの導入 eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com GATK解説シリー…

大学生ぶりに「講義」とやらをオンラインで受けてます。 看護学生ぶりの「授業」です。 ひぃぃー 脳が老けたなｗ 教授の話についていくのがやっとです。 オンラインで動画を使ってくれてるので、止めては戻して、止めては戻してます。 レジュメがないので、ノートに書き書きしてます。 操られる側から、操る側にならないと、世の中は稼げない仕組みですので。 必死です！！！

GATKの導入とPATHの通し方 GATKとは GATKはBroad研究所が提供する、変異の検出に特化したゲノム解析ツールキットです。非常に多機能でゲノム解析分野で業界標準として広く使われていますが、操作難易度が高く、初心者は必ず躓くポイントになっています。GATKはもともとヒトゲノム解析用に開発されたものですが、現在ではあらゆる生物のゲノムデータを扱えるように進化しています。その範囲は、体細胞・生殖細胞のショートバリアント/インデル検出、コピー数（CNV）や構造変異（SV）への解析に及びます。また、GATKには、WGSの処理や品質管理などの関連作業を行うための多くのユーティリティが含まれてお…

コマンドラインでのblastの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★☆☆☆ このツールで何ができる？ BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) は、類似性のある配列を持つ領域を見つけるツールです。このプログラムは、核酸やタンパク質の配列を任意の配列データベースと比較し、一致した部分の統計的有意性を計算します。BLASTは、配列間の機能的および進化的な関係を推測したり、ファミリー遺伝子の仲間を特定したりすることにも使えます。 私の使用感 BLAST にはNCBI Blastで利用できる ウェブ上のプラグラムがあります。ローカルで実施するBLASTでは…

概要 はじめに I. 条件付き期待値が全てか? i 条件付き「期待値」だけでよいのか? ii 条件付き期待値の条件とはなにか? メディアミックスモデルを例に 外挿と選択バイアス 補足: 条件付き期待値の条件付けに関して II. 機械学習の性能評価 ≠ ビジネスモデル なのか? 分類モデルと確率の推定 確率推定の評価はできるのか III. こういう話の教科書・参考書はないのか? まとめ 参考文献 概要 『機械学習とビジネスを橋渡しするものこそ評価指標であり, ”全てのビジネスは条件付期待値の最大化問題として書ける”仮説についての一考察 - 株式会社ホクソエムのブログ』というブログ記事に対する私の…

MEGA Xの使いかた, 病原体ゲノムデータベース（PlasmoDB）の使い方。 使用する主要なツール MEGA X, PlasmoDB 導入難易度★★☆☆☆ 使用難易度★★☆☆☆ この記事を読むと何ができる？ 今回は、公共データベースからマラリア原虫のMAF1という遺伝子のアミノ酸配列を収集し、それを使って分子系統解析を行う方法を紹介します。 現在、さまざまな動物あるいは病原体の塩基配列やアミノ酸配列が公開されています。それによって、自分のサンプルの配列と、既知の配列の類似性/相違性を比較（Alignment）解析することができます。さらに、ソフトウェアを使って系統樹を作成して生物学的な関係…

７月第４週の東京都の感染者数のまとめ 7月の第４週も終わるので、今週の7月24日までの感染者データをまとめておきます。 Google Transitデータも更新しました。 Googleの予測データも、7月21日版に更新して、これも7日移動平均をEstimatedでプロットしてあります。 東京都の検査データは7月23日に更新されています。 2021年7月23日 の（７日間移動平均値をもとに算出した）検査の陽性率は、13.1%(8.1%,6.4%,5.5%,4.8,4.1,4.0,4.9,5.3,5.8, 6.8, 8.6, 6.9, 5.9, 5.2, 4.8, 4.2, 3.7, 3.7, 3…

「未来について語ること」を考えるとき、何かの未来を考えます。例えば、人口はどうなるか、一人当たりの所得はどうなるかといった具合です。 ところが、最近、筆者は、この何かが曲者ではないかと考えています。何かは、固定できないのではないかと思います。この問題を、オブジェクト・フュージョンと呼ぶことにします。今回は、この何かを限定する際の問題を取り上げます。 なお、哲学では、対象を明確化して議論するので、哲学のアプローチとオブジェクト・フュージョンのアプローチは異なります。オブジェクト・フュージョンを使うと、普遍論争は自動的に回避されます。 2021/07/22の共同通信は、「ドイツ自動車大手ダイムラー…

本日は関数について 関数の生成方法 プログラミングでは関数は以下のような構図になっている。 ヘッダー(データ型、関数名、パラメーター) 本体(処理内容) ステートメント 命令や宣言内の実行されるコードのまとまりのこと return 〇〇; や let squaredX = x * x; などの途中の指揮にあたるものもステートと呼ばれる。 ステートはセミコロンで終了を表す。 クラス データと関数を持つ構造のこと。 クラス内でのデータはメンバ変数、クラス内での関数はメソッドと呼ばれる。 https://recursionist.io/dashboard/course/1/lesson/58 参照 …

概要：現役ゲームプランナーの実体験から「ゲーム業界のインターンシップの実態」について紹介！

オリンピックが、無観客開催になったことについて、ドイツの新聞は、無策が招いた結果であると、批判しています。 無観客は、開催国自体のコロナ危機管理が完全に失敗した結果だ。 (中略) 布製マスクの常時着用以外にもできることがあったはず。例えば日本でも入手可能なパンデミック対策のためのツールが一貫して使用されていれば、結果は違ったかもしれない。自己検診、クイックテスト、FFPマスク、または連絡先追跡アプリ、そして何よりも予防接種がもっと早く行われていればよかった。 繁華街の夜は、レストランやバーが満員だ。カラオケ、大人数での食事、仕事終わりのビールなど、何でもありで、週末には満員の地下鉄で友人と野球…

要点抜粋 データサイエンスの3本柱の1つがアナリティクス アナリストには分析対象に対するドメイン知識が非常に重要 新しいドメインに取り組む際には、ドメインについてよく知っていて気軽に聞ける人（domain guru）をアナリストは求めた方が良い アナリストはデータで説得する、ストーリーテリングの手法は行うべきではない。意思決定者が意思決定や仮説構築を自ら行えるような情報を正確に伝えるべき（≠マーケティング、ジャーナリズム） マーケティング、ジャーナリズムが意思決定者の視点を狭めるのに対し、アナリティクスは広げる アナリティクスはアナリスト自身の意見に意思決定者を誘導すべきではない 意思決定者は…

太田光が小山田圭吾に関する発言で反省の弁「大勢の人を傷つけた」（日刊スポーツ） - Yahoo!ニュース 川内 博史 on Twitter: "陛下が開会式で「大会の中止」を宣言されるしか、最早止める手立ては無い。" 荻上です。ラジオのOPで、2、3分ほどのフリートークの時間があります。僕は.. 英紙が痛烈批判「東京五輪は菅首相のためだけに開催されている」 | スポンサー企業も国民も損ばかりしている | クーリエ・ジャポン インドネシアから特別便、1人46万円「ぼったくりだ」 [新型コロナウイルス]：朝日新聞デジタル マンガに男の殺人鬼が出てきたからといって「男は全員殺人鬼だ」と思う奴.. 「…

2021/07/21の朝日新聞は、尾身茂会長の発言を伝えています。 政府の新型コロナウイルス感染症対策分科会の尾身茂会長は20日、日本テレビの報道番組で、東京都の1日の新規感染者数について、8月第1週には過去最多の3千人近くまで増加するとの見通しを示した。 これは、前回のシナリオ１とほぼ、同じです。つまり、感染者数を7月20日の値に固定した計算です。 7月5日以降は、増加率が増加していますので、シナリオ２または、シナリオ3も、検討する必要があります。8月の第1週には、その差は小さいですが、8月の第2週になると非線形効果の影響が大きくなります。 この問題のポイントは感度分析でです。 a=1週間の…

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首相や大臣の記者会見について、何となくわかりにくいなと思っていたのですが、フリージャーナリストの西村カリン氏が6月17日の記者会見の首相発言について、「菅首相の会見、アドリブも鋭い質問も大歓迎な米仏の大統領とこんなに違う」で、非常に明確な判定条件をあげています。なお、以下で、判定条件を箇条書きにしたのは、筆者で、西村カリン氏ではありません。 もとの記事は短いので、ぜひ読んでください。 なお、記者クラブの記者は事前に質問をスタッフに伝えますが、フリージャーナリストと外国記者の質問は事前にスタッフに伝えられないそうです。その件（くだり）だけ、引用しておきます。 結果的に、記者クラブの記者とは異なり…

■本当の分散投資・結局、債券・金を入れない限りは分散投資が難しい。 ・いま、Vanguard All-World ex-US Shares Index ETF（VEU）がやすい！ https://www.vanguard.com.au/personal/products/en/detail/0991/Overview https://www.amazon.co.jp/dp/B07SYG2T9N/ref=dp-kindle-redirect?_encoding=UTF8&btkr=1 〇最強のディフェンシブセクター：NASDAQ・今月30%の利益だが、インデックスのPERは高すぎず、成長性加味し…

塩野義製薬株式会社（以下、塩野義製薬）は1978年に創業し、感染症治療薬を通じて発展してきました。近年では従来とは作用機序の異なるインフルエンザ治療薬「ゾフルーザ」の承認を取得し話題になりました。現在は重点研究領域として「感染症」「精神・神経疾患」「新たな成長戦略」に取り組んでいます。2021年3月31日現在、従業員は5,485名（連結）です。 塩野義製薬のグループ会社（一部） シオノギヘルスケア（株）：「セデス」などCMでおなじみの一般用医薬品を主に扱っています。従業員は約100名です。 シオノギテクノアドバンスリサーチ（株）：研究支援系のグループ会社であり、約250名の従業員が所属していま…