国分寺は奈良時代の中期、741年に聖武天皇の命によって、仏教による国家鎮護を目的に全国各地に建立された寺院です。全国の国分寺の多くの本尊が「釈迦如来」であるのに対して、信濃国分寺のご本尊は「薬師如来」であるというのも珍しいということです。 938年「平将門の乱」に巻き込まれて焼失したということです。その後約300m北方の現在の地に移転して再建されました。遥か後の1585年の第一次上田合戦で、真田昌幸を徳川軍が攻めきれずに、真田軍が勝利しました。その際にも三重塔を除いた堂宇が兵火で焼失したということですが、江戸時代に入って広く浄財などが集められて、本堂の再建など大掛かりな改修が進められたようです…