東京都中央区日本橋馬喰町一丁目にある、総武本線の駅。総武線(快速)が停車する。
江戸通り(国道6号)の地下に位置し、島式ホーム1面2線を備える。都営浅草線の東日本橋駅、都営新宿線の馬喰横山駅と連絡通路で繋がっており、乗り換え業務を行っている。都営新宿線へはのりかえ改札があるが、都営浅草線へは一旦改札を出る必要がある。
海抜-29.19mで、開業当時は「国鉄で一番低い駅」だったが、1988年(昭和63年)の青函トンネル開業により、海峡線の吉岡海底駅にその座を譲った。ただ「国鉄で一番高い駅」であり、現在もJRで最も標高が高い小海線の野辺山駅とは現在まで友好関係が続いており、改札前に長野県産白樺で作られたオブジェがある。