ホームライナーは乗車整理券(ライナー券)を購入することによって乗車できる、定員制の列車。
1984年(昭和59年)に在来線時代の特急「あさま」の車両の上野から東大宮操車場までの回送列車を上野〜大宮で開放する形で「ホームライナー大宮」が運転されたのが最初で、その後、高崎線の「ホームライナー鴻巣」や宇都宮線の「ホームライナー古河」など増えていった。
<関東圏>鴻巣・古河・逗子・千葉・津田沼・小田原<中部圏>沼津・浜松・静岡・岡崎・関ヶ原・大垣・豊橋・中津川・太多(美濃太田)・多治見・瑞浪・四日市
以上、18種類のホームライナーが運転されている。
東海道線東京エリアでは「湘南ライナー」「おはようライナー新宿」「ホームライナー小田原」、中央線では「中央ライナー」「青梅ライナー」、篠ノ井線では「おはようライナー」が運転されている。また、しなの鉄道線ではJR時代から引き継いだ「しなのサンライズ」「しなのサンセット」が運転されている。
北海道では、札幌〜手稲(下り札幌行きに限り、小樽始発もあり)間に設定されている。
乗車するには上記の通り乗車整理券(ライナー券)が必要となる。乗車整理券は実際に乗車したいホームライナーが停車する駅でしか購入できない場合も稀にある。
乗車整理券は310円(JR東日本の長野地区・新潟地区とJR九州は300円。JR北海道は100円。ただし小樽・南小樽・小樽築港・銭函〜札幌間は300円。)、首都圏の「○○ライナー」に必要なライナー券は500円。
特急型車両が間合いで使用されるケースが多い。
列車により「スーパーカムイ」「すずらん」の789系1000番台or785系5両編成、「スーパーとかち」のキハ261系1000番台5両編成、「スーパー北斗」のキハ281系・キハ283系7両編成が使用される。
「湘南ライナー」は一部が215系10両編成での充当になるが、最近は定員の多い185系15両編成が使用されることが多い。
「しおさい」の間合いで255系9両編成・E257系500番台10両編成が使用される。
E257系500番台10両編成が担当。
「スーパーあずさ」のE351系12両編成および「あずさ」「かいじ」のE257系0番台11両編成が間合いで使用される。
373系が3両or6両編成で使用される。
「しなの」の間合いの383系6両編成および、一般型のライナー兼用車両である313系8000番台6両編成が使用される。
私鉄にもJRにならった着席定員制のホームライナーを運行している路線がある。
平日夕ラッシュ時に品川→京急久里浜・三崎口で設定されており、JRの湘南ライナー同様に横浜通過である。
2100形が使用される。
夕方に池袋→小川町で設定されている。ライナー対応の一般車両である50090系が使用される。
ホームライナーとしては珍しく土休日も設定されている。
スカイライナーの一種であるが、座席指定制のスカイライナーとは違ってこちらは座席定員制であり、列車性格は有料特急よりもホームライナーに近い。
こちらも平日・土休日の両方運行される。
JR時代から設定されているホームライナーを引き継いだ列車で、平日に運行。
現在はJR東日本の189系が使用されている。