首都圏の共通乗車カードシステム「パスネット」に加盟していた。東京メトロの発行するパスネット対応カードは「SFメトロカード」という愛称が付けられえていた。現在は、PASMOの普及により発行されていない。
2008年3月より、代々木上原駅を経由して小田急線(箱根登山鉄道を含む)から千代田線(一部、有楽町線に直通する設定もあり)にロマンスカーの乗り入れを開始した。東京メトロ線内で「座席指定制」の特急が運行されるのは初のこととなる。
2005年2月18日夜のテレビ番組「ウンナン史上最大指令 東京横断IQバトル!!」は、東京メトロ一社提供の「東京メトロスペシャル」としてTBS系全国ネットで放送された(http://www.tbs.co.jp/unnaniq/)。
2005年3月26日から2006年3月31日までの間で開催される東京メトロ誕生1周年記念イベント。東京メトロの全駅スタンプラリーで各路線を制覇すると記念品がもらえる。全路線制覇でさらに記念品がもらえる。スタンプの台紙は駅事務所でもらえる。
2010年6月29日、午前7時45分ごろ、東京都中央区日本橋茅場町の東京メトロ東西線茅場町駅で、停車していた東葉勝田台発中野行き普通電車(10両編成)の9両目のパンタグラフから煙が出ているのを車掌が発見し、全線で運転を見合わせた。煙が消えた後、事故車両を移動させ、8時40分ごろに運転を再開したが、後続の西船橋発三鷹行き普通電車が「茅場町−門前仲町駅」間で停車し、乗客が約55分間閉じこめられ、1人が体調不良を訴えた。
隣接する日比谷線茅場町駅にも煙が一時流入し、同線も約20分間、全線で運転を見合わせた。通勤通学時間帯と重なり、東西、日比谷の両線で計約14万6000人に影響が出た。
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