JR中央線複々線と東京メトロ東西線の線路が合流する、ホーム4面8線を擁する地平駅。
快速が曜日にかかわらず停車し、「中央特快」「青梅特快」「通勤快速」も停車する。ただし、新宿始発の下り「中央特快」は通過する。
特急は停車しないが、新宿駅工事の際には、新宿駅の代理として「スーパーあずさ」「あずさ」「かいじ」の折り返し駅として機能する場合もある(その際は8番線到着、7番線始発)。
↑上段へ←吉祥寺←国分寺←荻窪←「 〈中野駅〉 」←〈新宿駅〉…〈御茶ノ水駅〉…〈東京駅〉
↑上段へ←吉祥寺←西荻窪*2←荻窪←阿佐ヶ谷*3←高円寺*4←「 〈中野駅〉 」→〈新宿駅〉…〈御茶ノ水駅〉…〈東京駅〉
↑上段へ←吉祥寺←西荻窪←荻窪←阿佐ヶ谷←高円寺←「 〈中野駅〉 」→東中野→〈新宿駅〉…〈御茶ノ水駅〉…〈東京駅〉
■五日市線直通(青梅線経由拝島分岐)…(至・武蔵五日市 秋川 )
■八高線直通(青梅線経由拝島分岐)…(至・箱根ヶ崎 東飯能 高麗川 )
■中央本線・中央東線直通(高尾以遠)…(至・大月 上野原 )
■富士急行線直通(大月分岐)…(至・都留文科大学前 〈富士山駅〉 河口湖 )
↑上段続き…←阿佐ヶ谷←高円寺←「 〈中野駅〉 」→東中野→大久保→〈新宿駅〉…下段へ↓
↑上段続き…〈御茶ノ水駅〉…錦糸町…西船橋…津田沼…〈千葉駅〉
○東葉高速鉄道直通(西船橋以遠)…(至・八千代緑が丘 東葉勝田台 )
■JR中央・総武線(各駅停車)直通(西船橋以東)…(至・津田沼 )
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